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가. 쏘세지제조업자가 부가가치세면세축산물(돼지)을 구입하여 해체한 후 과세재화인 쏘세지 제조에 그 대부분을 제공하고 잔여 부분인 내장, 머리, 뼈 등 부산물은 그대로인 면세재화로 매출하여 온 경우 돼지의 구입대금중 해체후 쏘세지제조에 제공되는 부분의 매입대금과 나머지 부산물부분의 매입대금은 사실상 그 구분이 불가능하니 이에 관한 매입세액은 부가가치세법시행령 제61조 제1항 소정의 공통매입세액이라 보아야 할 것이다.
나. 나. 부가가치세법시행령 제61조 제3항 제1호의 규정의 취지는 총공급가액중 면세공급가액의 비율이 무시해도 무방할 정도로 미미한 경우 즉 100분의 5 미만인 경우에는 계산의 편의와 납세자의 이익을 위하여 공통매입세액(또는 의제공통매입세액) 전액을 공제한다는데에 있으므로 면세공급가액이 100분의 5 미만인 경우의 의제공통매입세액에 있어서는 위 시행령 제61조 제3항 제1호가 적용되고 동 제62조 제2항은 적용되지 않는다고 보아야 할 것이다.
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피고 소송수행자의 상고이유를 본다.
1. 부가가치세법시행령 제61조 제1항은 「사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 " 공통매입세액" 이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 X 면세공급가액 / 총공급가액」이라고 규정(다만, 1980.12.31대통령령 제10121호로 개정되기전의 제61조 제1항은 위규정중의 " 면세사업에 관련된 매입세액" 을 " 매입세액중 공제하지 아니하는세액" " 공제되지 아니하는 세액" 이라고 표현하고 있다)하고 있는 바, 원심판결이 적법히 확정한 사실에 의하면, 원고는 쏘세지제조업자로서 부가가치세가 면세되는 축산물(돼지)을 구입하여 해체한 후 과세재화인 쏘세지제조에 그 대부분을 제공하고(1979년 1기에는 100분의 96.08 같은해 2기에는 100분의 98.73, 1980년 1기에는 100분의 98.27, 같은해 2기에는 100분의 97.97, 1981년 1기에는 100분의 98.13) 잔여 부분인 내장, 머리, 뼈등 부산물은 그대로인 면세재화로 매출하여 왔다는 것이므로 이러한 경우 돼지의 매입대금중 해체후 쏘세지제조에 제공되는 부분의 매입대금과 나머지 부산물부분의 매입대금은 사실상 그 구분이 불가능하여 이에 관한 매입세액은 위 제61조 제1항 소정의 공통매입세액이라고 보아야 할 것 이고, 따라서 같은 취지의 원심판시는 정당하고 거기에 소론과 같은 사실오인의 위법이 있다고 할 수 없다. 다만, 과세공급가액의 비율이 앞서 본 바와 같다면 면세공급가액의 비율은 100에서 앞서본 각 비율을 공제한 부분(1979년 1기에는 100분의 3.92, 같은해 2기에는 100분의 1.27, 1980년 1기에는 100분의 1.73, 같은해 2기에는 100분의 2.03, 1980년 1기에는 100분의 1.87)으로서는 어느것이나 100분의 5미만임이 명백하다고 할 것이다.
2. 그런데 부가가치세법 제17조 제3항은 「제조업을 영위하는 사업자가 부가가치세의 면세를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조 또는 가공한 재화의 공급이 과세되는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로 공제할 수 있다」고 규정하고 있고, 이에 따라 같은법시행령 제62조 제1항은 「 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물의 가액에 업종별, 종류별로 재무부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다」라고 규정하고 있으며, 그 제2항은 「 제1항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제한 농산물, 축산물, 수산물 또는 임산물을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 그 공제한 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제하여야 한다」라고 규정하고 있고, 같은법시행규칙(1982.12.31 재무부령 제1548호로 개정되기 전의 것) 제19조 제4항은 「 영 제62조의 규정을 적용함에 있어서 과세사업과 기타의 사업을 겸영하거나 의제매입세액 공제율이 다른 경우에는 영 제61조의 규정을 준용한다」라고 규정하고 있으며, 이에 따라 준용되는 앞서 본 같은법시행령 제61조 제3항 제1호는 「당해 과세기간의 총공급가액중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액은 위 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다」고 규정하고 있는바, 이 규정의 취지는 총공급가액중 면세공급가액의 비율이 무시해도 무방할 정도로 미미한 경우 즉 100분의 5 미만인 경우에는 계산의 편의 및 납세자의 이익을 위하여 공통매입세액(또는 의제공통매입세액) 전액을 공제한다는데에 있는 것이고, 따라서 이 사건의 경우와 같이 면세공급가액이 100분의 5미만일 경우의 의제공통매입세액에 있어서는 제61조 제3항 제1호가 적용되고 동 제62조 제2항의 적용은 없다고 보아야 할 것이다.
원심판결은 그 이유설시에 미흡한 점은 있으나 결론에 있어서는 정당하고 거기에 소론과 같은 위 시행령 제62조 제2항의 법리를 오해한 위법이 있다고할 수 없다. 논지는 이유없다.
3. 이리하여 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자인 피고의 부담으로 하기로 하여 관여법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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